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　　根據科技部、財政部、中編辦“國科發政字[2002]356號”文件的要求和中國農科院黨組的安排，2003年2月份，在對原子能利用研究所相關學科進行重大調整基礎上，吸收了作物所、品資所有關從事農產品加工研究的力量，開始了建設食品科學與工程學科和組建中國農業科學院農產品加工研究所的工作。
農產品加工所成立后，不斷摸索發展道路和發展模式，按照我院“三個中心、一個基地”的戰略目標，在廣泛聽取各方意見和建議的基礎上，通過多次討論和研究，制定并完善了建所方案，明確了總體發展目標和階段發展目標、學科調整原則和學科建設方向、產業發展目標和管理方式、管理機構與人員組成等一系列事關研究所發展的戰略性問題。經過兩年多的建設與發展，該所各項工作穩步推進，并取得一系列實質進展。
一、科技創新體系及學科設置日益完善
　　總體發展目標：爭取用5～10年時間，構建現代化的，具有農業產業背景和農產品加工特色的食品科學與工程的研究、試驗、中試中心，食品工程技術的孵化中心，農產品產業化開發的示范中心及食品科學與工程高級人才的培養基地，為發展我國農產品加工業提供關鍵技術、現代工藝和新產品。利用科研和技術優勢，聯合相關企業，組建加工企業和企業集團研發中心，提高研究所的創新和創收能力。
　　在科技創新體系設置方面，撤銷了研究室建制，根據食品科學與工程學科的特點和研究服務對象，重點建設4個中心，即食品科學研究中心（下設6個實驗室）、農產品加工工程中心、輻照產品監督檢驗測試中心及食品科學與技術咨詢中心。
　　在學科設置方面，依據研究所總體發展目標，在認真分析本所學科發展的基礎、條件和優勢的基礎上，確定了6個重點學科領域。
1.食品加工工藝：由院一級崗位杰出人才魏益民教授任首席專家。主要從事食品加工技術和工藝研究。近期研究重點是利用質構重組技術，研究和開發淀粉、蛋白質和果品資源加工原理、技術、工藝和產品。
2.功能食品：由院二級崗位杰出人才王強研究員任首席專家。主要進行功能性食品和新資源食品的研究與開發，包括天然活性因子的識別、分析檢測技術與方法研究、生物活性物質分離提取、純化技術及工藝，以及功能因子作用機理、功能性評價、毒理學評價、功能食品加工標準體系與全程質量控制體系研究。
3.農產品輻照與貯藏：由院二級崗位杰出人才哈益明教授任首席專家。主要從事農產品輻照及貯藏保鮮技術研究，包括農產品貯藏保鮮基礎研究、農產品和食品的輻照加工技術研究，產業化應用技術研究及農產品相關標準的制定。
4.食品微生物與發酵工程：由院二級崗位杰出人才呂加平研究員任首席專家。主要從事食品微生物資源開發及應用和食品微生物污染機制及監控技術的研究。包括發酵食品高新技術研究和產品開發，發酵工程優良菌株、食品發酵劑和益生菌優良菌株的選育及應用技術研究，微生物酶學特性及應用技術研究，微生物對產品質量的影響機理及監控技術等。
5.食品質量與安全：由院三級崗位杰出人才潘家榮研究員任首席專家。主要從事食品安全關鍵技術研究，包括國內外食品安全法規體系、食品安全技術平臺建設、食品安全數據庫建設。
6.食品化學與營養：由院二級崗位杰出人才木泰華研究員任首席專家。主要進行非加熱技術（超高壓及高壓脈沖電流）在農產品加工和貯藏上的應用研究。特別是通過對蛋白質的變性、聚合、凝膠化、物化和功能特性的解析，探索動植物蛋白質在食品工業中的應用。
二、科技創新出現良好態勢
1.科研立項與經費投入大幅度增加  2003年獲準國家“863”項目、科技基礎工作專項、農業部結構調整重大技術研究專項、農業科技創新中心項目、社會公益性項目、國家自然科學基金項目、“948”項目等12項，總經費累計近1000萬元，年度經費接近400萬元。2004年組織申報的項目比2003年翻一翻，年度經費達700萬元，總經費累計超過2200萬元。
2.科技創新取得顯著成果  截止2005年6月，該所共鑒定科研成果6項。其中，“大豆高水分擠壓組織化技術”、“農產品加工標準體系與全程質量控制體系研究與示范”、“稻米深加工技術與設備”達到國際先進水平；“農產品加工標準體系與全程質量控制體系研究與示范”項目成果獲中國農業科學院科學技術成果一等獎；該所參與“稻米及其副產品高效增值深加工技術”順利通過國家科技進步二等獎答辯。此外，兩年間，該所共發表科研論文60余篇，主編、參編科技著作15部；申請發明專利8項，已獲準1項，公開4項。
3.學術交流氛圍初步形成  為培養學術氣氛，提高全所科研人員的業務素質，加強不同學科方向的溝通、交流，促進團隊合作和各項科研、開發任務的順利進行，所領導研究決定在全所范圍內開展兩周一次的學術交流活動。通過互動交流，大家對加工行業有了比較全面的了解，進一步開闊了視野，拓寬了思路，為各項工作的更好開展奠定了基礎。
三、科技產業發展進展順利
1.與政府部門或企業聯合，開發新產品  該所主動走向市場，與政府、企業積極開展科技項目協作。先后與浙江野姣姣集團、福清市天海飲料食品科技有限公司、湖南金健米業、江蘇牧羊集團、哈高科大豆食品有限公司、江蘇維維集團等開展技術合作，已開發了枇杷果肉飲料、小米乳系列植物蛋白飲料、大豆組織化蛋白等產品，市場銷售前景良好。
2.利用輻照技術，向社會提供技術服務  輻照中心堅持“以質量求生存，以改革求發展”的原則，在機構和人員的管理上，完成了機構改組和全員競聘工作，制定了崗位職責，完善了管理、運營和獎勵制度，提出了較為具體的經營和發展目標。2003年，輻照產值達到207萬元；2004年，研究所又追加投入300萬元購買鈷源，使源強增加到40萬居里，增強了中心的創收能力和發展后勁。
四、食品科學與工程科學為主的科技隊伍基本形成
目前，全所有中國農科院一級崗位杰出人才1名、二級人才4名、三級人才4名；有博士9人、碩士12人。研究所還設有農產品質量與食品安全、生物物理博士點以及農產品加工與貯藏工程碩士點，有博、碩士導師6名，現有在讀博士研究生4名，碩士研究生13名。以食品科學與工程學科科研人員為主體的人才隊伍構架正在形成。
五、科研平臺建設初見成效
食品科學研究中心根據我院二級學科方向設置了食品化學與營養、微生物與發酵工程、食品質量與安全、農產品輻照與貯藏、功能食品、食品工藝等6個實驗室，總面積達1600m2。通過人才基金及學科建設經費相繼購置了雙螺桿擠壓膨化實驗室工作站、粉質儀、拉伸儀、質構儀、全自動凱氏定氮儀、自動索式總脂肪分析系統、冷凍干燥機、半自動纖維素測定儀、質譜儀、掃描和透視電鏡等大型儀器。工程中心試驗基地正在我院南口基地建設，課題所需相應的加工設備和生產線已引進。根據國內中小食品企業的需求，還將建設包括新產品研制、開發、包裝、標簽設計、標準及質量控制體系建設、廠房設計、人員培訓等在內的全套技術咨詢服務體系。