近期，中國農業科學院蔬菜花卉研究所蔬菜分子設計育種創新團隊在《核酸研究（Nucleic Acids Research）發表研究論文，報道了第三版十字花科數據庫（BRAD V3.0）的重建升級。該數據庫整合了已發表的十字花科物種基因組、轉錄組等組學數據資源，已成為十字花科植物最重要的數據庫之一，對十字花科植物組學數據資源的挖掘利用和分子設計育種的研究具有重要的價值。
據王曉武研究員介紹，十字花科植物包含模式植物擬南芥，以及白菜、甘藍、油菜等重要的蔬菜和油料作物，具有非常重要的科研和經濟價值。其中許多重要物種的大量組學數據（包括基因組、轉錄組和變異組等）已陸續被報道?？蒲袌F隊于2011年率先主導完成白菜基因組的測序及組裝，并建立了十字花科蕓薹屬作物基因組數據庫Brassica database（BRAD, http://brassicadb.org）。2015年該數據庫整合了13個十字花科物種的基因組數據及共線性關系的信息，并升級到2.0版本。該數據庫極大地促進了國內外蕓薹屬物種的研究。隨著測序技術的發展，越來越多的十字花科組學數據被公布，BRAD數據庫面臨不斷地更新和升級的需求。
該研究通過重建BRAD數據庫，收錄整合了36個十字花科物種基因組及308份樣品的轉錄組和3個物種（白菜、甘藍和油菜）群體變異數據，并搭建了共線性分析等重要工具，升級為BRAD V3.0版本。其主要特點在于提供了系統的十字花科物種間基因共線性關系，極大地方便了利用擬南芥基因功能信息對十字花科作物開展深入研究。另外，該數據庫還新增了微共線性分析、系統發育樹構建、變異圖譜和引物設計等特色功能。構建了簡單且用戶友好的網絡界面，有利于非信息專業研究人員和育種工作者訪問、查詢和分析數據。該數據庫長期持續地更新十字花科物種組學數據，為十字花科作物功能基因組研究和分子設計育種提供重要的信息平臺和數據支撐。
該研究獲得國家重點研發計劃、國家自然科學基金以及中國農業科學院科技創新工程等資助。（通訊員 許鐵敏）
原文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1057/6424756
