近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所農業宏基因組學創新團隊聯合國內科研單位開創性地提出了一種快速且全局最優的轉錄組定量解決方案TQSLE。該方法可準確定量序列高度相似的轉錄本的表達水平。相關研究成果發表在《生物信息學簡報（Briefings in Bioinformatics）》上。
由于存在著序列極其相似的不同參考轉錄本，一部分轉錄組測序讀段存在映射不確定性，從而無法通過映射讀段的計數來估計轉錄本表達量。為解決這一問題，研究人員開發了一種非基于最大期望算法且非序列比對的方法TQSLE，為估計轉錄本和基因表達定量提供了一個全局最優的解決方案。在模擬及真實的轉錄組測序數據集上進行了一系列測試，結果表明，該技術相比基于最大期望算法的非序列比對的轉錄組定量方法更為準確。
該研究得到深圳市基礎研究專項、國家自然科學基金等項目的資助。（通訊員 馬昕怡）
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/bib/bbad298
