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　　蔬菜花卉所轉制為科技型企業的思路是：建立現代企業制度和科學管理機制，培育先進的企業文化，提高該所的科技創新能力和市場競爭能力。爭取1年內轉制，3年完善，將蔬菜花卉所建成為一個具有較強科技創新能力、較強市場競爭能力、多元投資主體、完全按企業化經營的現代高科技農業企業。
轉制工作分三步，先轉制為國有獨資公司，然后再進行資產重組，成立1家股份有限公司，爭取在2～3年內做好上市的準備。
轉制后的公司架構是成立農科院蔬菜花卉所有限公司，下設三大板塊：
1. 組建3個控股子公司。分別是北京中蔬農業科技股份有限公司、北京中蔬生物科技股份有限公司、北京中蔬園藝咨詢有限公司。
2. 組建研發中心（R&D）。總人數為60人，重點任務是完成國家、省部級研究項目和本所的應用、開發研究項目。該中心下設8個研究室和1個蔬菜產品質量監督檢驗測試中心。
3. 調整精簡職能部門。設立財務部、人力資源部、科研部、綜合辦公室。
從2004年開始，公司將實行全員聘任制，建立一套符合公司運作的全員業績考核指標體系，改革工資結構，提高績效工資比重。對2003年起新進所的人員開始實行崗位工資制。