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一、改革目標
改革的目標是轉制為現代科技型企業。初期改制為“中國農業科學院煙草研究所、中國煙草總公司青州煙草研究所有限責任公司”，待條件成熟后再行改制為股份有限公司上市。
二、職能體系設置
技術創新體系：以擬籌建的國家煙草改良中心為龍頭，保留30～40名科研骨干力量，進行科技創新。（1）承擔科技部、農業部、國家煙草專賣局等部門的科研任務，從事煙草遺傳育種、生物技術、煙草化學、栽培調制技術、病蟲害綜合防治等高新技術研究和解決制約行業發展的關鍵技術研究；（2）研發具有良好市場前景、科技含量高的科技產品，為公司的發展提供科技支撐；（3）進一步拓寬研究領域，加大煙草工農業結合領域的研究，以卷煙配方、卷煙中試、原料倉儲、原料前處理、煙用香精香料為重點進行拓展性研究和可物化成果的研制與開發。
產業發展體系：確定50～60名開發型人才,進行種子、肥料、農藥、生物技術的產業化推廣、技術咨詢、技術服務以及房地產開發等；建立具有高科技含量的控（緩）釋肥肥料廠、生物農藥制品廠、原子能輻照中心、青島國際合作交流中心、生物技術制品廠；在技術咨詢與服務方面，將與各大煙草集團、煙草公司進行更緊密的技術合作，形成輻射范圍廣、優質高效的技術服務網絡。
管理體系：設立股東會、董事會、監事會作為總公司的權力機構和監督機構。各子公司的管理機構和管理崗位的設置根據實際運作情況而定。
保障體系：后勤服務中心和試驗場從研究所剝離，成立具有獨立法人資格的有限責任公司，負責全所的后勤保障、房地產開發、離退休人員的管理和服務等。
三、國有資產處置
1、國家煙草種質資源中期庫、農業部煙草質檢中心等以及10萬元以上的儀器設備轉為公益性資產，由煙草所托管使用，不作為國有資本金注入公司。
2、托兒所、學校、醫務室等非經營性資產也隨之剝離，不作為國有資本金注入公司。
3、超過使用年限、損壞程度較大、已無法使用的資產等作為不良資產予以剝離處置。
4、其余國有資產進行政策性抵扣之后，作為國有資本金注入公司，資本金數額按資產評估、處置后實際額度計核。
四、股權設置
1、公司計劃資本金總額為2000萬元。中國農科院作為國有出資人代表，占有35%的股份；中國煙草總公司同為國有出資人代表，占25%股份；職工股20%；吸納社會法人股20%，共同組建“中國農業科學院煙草研究所、中國煙草總公司青州煙草研究所有限責任公司”。
2、“青州市中煙科技服務有限責任公司”的股權設置為公司經理層占股份30%，公司中層人員占30%；一般職工占40%。
五、改革進展
1、已經成立了改革領導小組及辦公室，進行了改革的宣傳、動員、教育。
2、2003年3月上報了《中國農業科學院煙草研究所科技體制改革實施方案》。8月制定了《中國農業科學院煙草研究所、中國煙草總公司青州煙草研究所科技管理體制改革總體實施方案》，上報中國農業科學院和國家煙草專賣局。
3、資產清理工作于今年5月開始，固定資產和債權、債務的清理工作已于7月結束。
4、《中國農業科學院煙草研究所、中國煙草總公司青州煙草研究所有限責任公司》的公司章程、發起人協議書、股權設置方案、組織架構和法人治理結構的設置方案和《青州市中煙科技服務有限責任公司》的公司章程、發起人協議書、股權設置方案、組織架構和法人治理結構的設置方案已于8月底完成。
六、下步改革安排
1、“青州市中煙科技服務有限責任公司”與煙草所剝離并建立公司的工作提前運作，將在11月底前完成公司籌建工作。
2、企業名稱報審，資產評估，驗資，制定內部運行機制、內部人員分流、企業化運作、國有資產等管理辦法，爭取11月底前完成。
3、辦理資產剝離，申辦資產產權登記、劃轉，申辦企業工商注冊、企業代碼，進行企業稅務登記，開設企業銀行賬戶等工作12月底前完成。
七、保障措施
1、完善行政職務和技術職務聘任制，實行全員勞動合同制。
2、對未聘的人員，采取在職培訓、內部轉崗、鼓勵自謀職業、內退、交流等多種形式進行安置，并探索社會化安置方式。
3、對符合病退條件、經常接觸有毒有害物質等特殊工種、聘干人員等，在自愿基礎上，及時辦理退休手續。現通過地方人事和勞動保險部門正在辦理病退手續的職工11人。
4、在條件允許的情況下，建立退休補貼或補充養老金制度。
5、用好轉制企業在稅收、工商、土地使用、進出口權、國有資產管理、項目申報等方面的優惠政策，同時主動與上級和地方有關部門聯系，爭取更大的發展空間。