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    2012年院工作會議明確指出，未來5到10年，我院的發展目標是建設世界一流的農業科研院所。現代農業科研院所建設的核心就是院所創新能力的建設，特別是配套制度和機制建設。對于提升創新能力有幾點初步想法。
    一、創新能力來源于思想
    新思想是創新的源泉，有了創新思想才能不斷給創新技術提供支撐。我院是國家農業科學研究權威機構，在國家農業發展中應提供戰略新思想和技術支持，著重解決國計民生問題，支撐我國農業農村經濟社會持續發展。要集聚全院人才，提出新思想，發現農業發展面臨的重大問題，尋求解決的新方案，在新方案中找課題，找項目。如我國當前農業發展九連增后的農業可持續發展、黃淮海農業發展深度開發、西部農業深度定位、長江流域農業發展新戰略等重大課題。抓住農業科技發展的重大機遇，切實提高科技創新對農業發展的支撐能力，建立農業發展戰略研究人才隊伍，使我院在國家農業發展中持續不斷地提出新思想、新戰略、新方案，在這些方案中找到新定位，作出新貢獻。
    10年前，面臨著棉花種子分散經營的現狀，棉花所班子決定在各主產棉省設立生態育種試驗站篩選出適宜當地的品種，再交由在當地組建的合資棉種公司銷售。這個新思想，在山東和河南、新疆等地推廣中棉所29、中棉所35、中棉所45、中棉所41等品種的過程得到了驗證，棉種質量好，棉花產量高、品質強，棉農收入增多，深受地方政府和棉農喜愛。這幾個棉花品種也分別獲得國家和省部級成果獎勵。
    二、創新思想來源于創新人才
    科學技術是第一生產力，自主創新是第一競爭力，科技人才是第一資源。人才是創新的關鍵，沒有創新人才就沒有創新。我國兩彈一星能夠快速升空，就是得益于一批創新人才。聚集一流人才是建設世界一流農業科研院所的關鍵，要采取措施，全方位造就各類人才。首先要爭取國家支持，建立一支高素質創新人才隊伍。如果沒有國家支持，僅農科院很難支撐這支人才隊伍。同時還要建立相應的科研輔助隊伍和管理隊伍。這三支隊伍相輔相成，缺一不可。除了引進優秀人才外，也應培養現有人才隊伍，善于發現那些具有創新思維、有巨大創新潛力的人才，給他們創造條件，包括出國培養、參加主持各類項目、安排他們到關鍵崗位進行鍛煉，激發他們的創新潛能，在實踐中提高創新能力，同時待遇上得到相應提高。通過國外引進與國內培養兩方面同步提高，協同創新，形成創新團隊，推進國際一流農業院所建設。
    棉花所一直以來堅持以人為本，以高層次人才為重點，大力提高專業技術人才的創新能力和核心競爭力，培養造就一批在棉花行業具有明顯優勢的學術帶頭人。充分利用國內、國際兩大人才資源，增強棉花所凝聚同行業國內外優秀人才的能力，實施人才戰略，培養青年科技骨干。2007年開始，棉花所聯合美國農業部南方平原農業研究中心，在世界上首次啟動了陸地棉基因組測序研究項目。通過主持中美基因組測序，派出青年科技骨干，與美國科研機構進行合作研究，奠定棉花功能基因組學研究和分子改良基礎，大力提升了棉花所基礎研究水平。最近，棉花所主持D基因組測序的文章已在《自然-遺傳學（Nature Genetics）》刊物正式發表，也是全世界棉花研究發表最高影響因子36以上的文章。
    三、創新機制促進持續創新
    創新是科研單位永恒的主題，也是創建國際一流院所的根本。如果沒有一支創新的團隊，創建國際一流院所無從談起。因此，要使一流院所有持續的創新能力，必須從機制入手，以相應的機制做保證，建立一套適于人才成長的機制。從事業上留人才，從待遇上留人才。要著眼于推進經濟社會發展的需要，著眼于長遠發展的需要，緊緊抓住培養、吸引、用好人才三個重要環節，建立科學的人才規劃，健全人才激勵和保障機制。
    為建立公平、公正、公開的競爭平臺，使全所職工能在合適的崗位上展示自己的才能，棉花所陸續完善了業績考核、評價獎勵制度，完善分配制度改革，從而調動了各類人才工作的主動性和積極性。先后建立了公平競爭的用人機制、績效優先的分配機制、重在貢獻的評價機制、不需腐敗的激勵機制、不敢腐敗的懲罰機制和不易腐敗的預警機制。通過這些機制的不斷完善與發展有效地推動了科研、開發、行政管理等各項工作的順利進行，努力在本世紀20年代末實現3大目標：最終達到棉花應用研究達到國際領先；棉花基礎研究進入國際先進；棉花產業發展參與國際競爭。