近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗室深圳分中心）、佛山鯤鵬現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院研究員唐中林團(tuán)隊在《基因組蛋白質(zhì)組與生物信息學(xué)報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics）發(fā)表了論文。該研究發(fā)布了豬整合多組學(xué)數(shù)據(jù)庫PIGOME（https://pigome.com），為豬功能基因組研究與分子育種提供了“一站式”分析平臺。
豬不僅是我國居民最主要的動物蛋白來源，也是人類發(fā)育和疾病的重要模型。近二十年來，隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，產(chǎn)生了海量的多組學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)來源于豬的不同品種、發(fā)育階段和組織，有助于豬的進(jìn)化、復(fù)雜性狀形成和疾病等研究。然而，這些數(shù)據(jù)來自于不同實(shí)驗室和測序平臺，存在檢索困難、管理分散、數(shù)據(jù)處理不統(tǒng)一和可視化困難等問題。如何深入挖掘并整合分析公共數(shù)據(jù)面臨很大的挑戰(zhàn)。針對這些問題，研究人員開發(fā)了PIGOME數(shù)據(jù)庫：一個豬綜合性多組學(xué)整合數(shù)據(jù)庫。
據(jù)悉，PIGOME數(shù)據(jù)庫包含來自392個項目的6901個豬的樣本，涉及113個品種、71個組織和29個發(fā)育階段的7種不同類型的組學(xué)數(shù)據(jù)，同時整合了大量注釋信息和分析工具。PIGOME為用戶提供了友好的界面，可通過交互式網(wǎng)頁、強(qiáng)大的搜索引擎和高級工具瀏覽和分析組學(xué)數(shù)據(jù)。整合的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)為發(fā)現(xiàn)豬重要經(jīng)濟(jì)性狀和人類相關(guān)疾病相關(guān)的靶基因和位點(diǎn)提供了一種快捷有效的方法。PIGOME為豬的功能基因組學(xué)研究提供了重要平臺，對動物遺傳學(xué)、育種和生物醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域具有重要價值。
唐中林、基因組所（大鵬灣實(shí)驗室）副研究員楊亞嵐為論文共同通訊作者。基因組所在讀博士生韓郭皓（原科研助理）、基因組所和河南大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)碩士生楊朋（已畢業(yè)）為論文共同第一作者。該研究得到國家重點(diǎn)研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金、深圳市科技重大專項和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院創(chuàng)新工程等的資助。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzaf016
